조금 난처한 상황이 된듯 합니다.
가장 좋은 방법은 대화로 해결하는 방법이겠지만, 지금 상황이라면 이미 대화로 해결할 수준은 넘어선듯 합니다.
일단 관련된 고객사에게 공문을 보내서 해명을 하고, 문서상으로 증빙을 받는 것도 좋은 방법이 될듯 합니다.추후 법적인 분쟁 발생시에 근거 자료로써 활용할 수 있습니다.

 분사하지 않은 상황에서 분사를 했다고 안내를 하고, 회사 실적상 인정되지 않은 프로젝트를 처리했다고 이야기를 하는 상황이라면, 법적으로 대응하셔도 무방합니다. 현재 상황이라면, 변호사분들을 통해서 법률상담을 진행해 보실것을 추천드립니다.

 작년에 유명 게임회사에서 개발팀장이 퇴사를 하면서 회사 소스를 반출한 뒤, 이를 기반으로 회사를 차린 경우가 이었습니다. 결국은 법적 분쟁으로 이어져서 회사가 승소를 한 경우가 있습니다. 저작권에 관련된 부분이 민감하게 작용하는 회사라면 더욱더 엄하게 법적으로 처벌이 가능합니다.  IT관련 회사의 경우 회사 리소스가 회사를 운영하는 핵심 요인으로 작용할 수 있습니다. 이 경우 직원이 무단으로 유출을 하는것 만으로도 충분히 처벌이 가능합니다. 더군다나 이를 활용해서 사업을 하고 있다면 민형사상의 처벌이 가능하겠죠.

하지만, 가능하면 대화로 해결해 보실것을 추천드립니다.
분쟁이 발생해서 법적으로 공방이 오간다면, 회사의 대외 신인도 부분에서 문제가 생길수도 있습니다.
전체적인 상황을 알고 있는 상황이라면 조금더 정확한 답변을 드릴수가 있지만,현재로써는
1. 대화로 해결한다.
2. 변호사와 상담하여 법률적으로 접근한다.
3. 포기한다.
위의 3가지 중에서 선택하셔야 할 듯 합니다.